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原子笔与步进电机联轴器使用的连接方式需要根据具体的应用场景和需求进行选择，可以选择以下几种方式：
1、刚性联轴器：对于负载较轻、转速不高、精度要求一般的场景，可以选择使用刚性联轴器，这种联轴器结构简单，价格低廉，能够满足基本的连接需求。
2、弹性联轴器：对于负载较大、转速较高或有轻微冲击的场景，可以选择弹性联轴器，它能够吸收一定的振动和冲击，提高系统的稳定性和可靠性。
3、精密联轴器：对于精度要求较高的应用，如高精度机械、光学仪器等，可以选择精密联轴器，这种联轴器具有较高的精度和刚性，能够保证原子笔与步进电机的精确同步。
至于具体选择哪种联轴器，需要根据原子笔和步进电机的具体型号、规格以及使用要求进行选择，建议咨询相关厂商或专业技术人员，根据实际需求进行选择和定制。